Die Bürgerstiftung Gütersloh hat zwei gewählte Gremien: Zum einen den Vorstand, der für das operative Geschäft zuständig ist. Zum anderen das Kuratorium, das sich um die strategische Ausrichtung kümmert und eine Kontrollfunktion wahrnimmt. 

Unterstützt werden diese ehrenamtlichen Gremien durch ein hauptamtliches Team in der Geschäftsstelle der Stiftung am Alten Kirchplatz. Darüber hinaus arbeiten auch in den verschiedenen Projekten und in der Verwaltung viele Ehrenamtliche mit, ohne die die Arbeit kaum möglich wäre.

Ein wichtiges Ziel der Bürgerstiftung ist es, das Stiftungskapital zu wahren und möglichst zu erhöhen, um langfristig Erträge für Projekte in Gütersloh einsetzen zu können. Privatleute, Unternehmen, Banken oder andere Organisationen können sich als Zustifter beteiligen.